Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Accelerated cryo-EM structure determination with parallelisation using GPUs in RELION-2
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för biokemi och biofysik. Stockholms universitet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab).
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för biokemi och biofysik. Stockholms universitet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab).
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för biokemi och biofysik. Stockholms universitet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab). KTH Royal Institute of Technology, Sweden.
Antal upphovsmän: 4
2016 (Engelska)Ingår i: eLIFE, E-ISSN 2050-084X, Vol. 5, e18722Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

By reaching near-atomic resolution for a wide range of specimens, single-particle cryo-EM structure determination is transforming structural biology. However, the necessary calculations come at large computational costs, which has introduced a bottleneck that is currently limiting throughput and the development of new methods. Here, we present an implementation of the RELION image processing software that uses graphics processors (GPUs) to address the most computationally intensive steps of its cryo-EM structure determination workflow. Both image classification and high-resolution refinement have been accelerated more than an order-of-magnitude, and template-based particle selection has been accelerated well over two orders-of-magnitude on desktop hardware. Memory requirements on GPUs have been reduced to fit widely available hardware, and we show that the use of single precision arithmetic does not adversely affect results. This enables high-resolution cryo-EM structure determination in a matter of days on a single workstation.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2016. Vol. 5, e18722
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-141500DOI: 10.7554/eLife.18722ISI: 000394244600001OAI: oai:DiVA.org:su-141500DiVA: diva2:1087112
Tillgänglig från: 2017-04-05 Skapad: 2017-04-05 Senast uppdaterad: 2017-11-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Kimanius, DariForsberg, Björn O.Lindahl, Erik
Av organisationen
Institutionen för biokemi och biofysikScience for Life Laboratory (SciLifeLab)
I samma tidskrift
eLIFE
Biologiska vetenskaper

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 56 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf