Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Rapid structural elucidation of polysaccharides employing predicted functions of glycosyltransferases and NMR data: Application to the O-antigen of Escherichia coli O59
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för organisk kemi.
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för organisk kemi.
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för organisk kemi.ORCID-id: 0000-0001-8303-4481
2014 (Engelska)Ingår i: Glycobiology, ISSN 0959-6658, E-ISSN 1460-2423, Vol. 24, nr 5, s. 450-457Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

A computerized method that uses predicted functions of glycosyltransferases (GTs) in conjunction with unassigned NMR data has been developed for the structural elucidation of bacterial polysaccharides (PSs). In this approach, information about the action of GTs (consisting of possible sugar residues used as donors and/or acceptors, as well as the anomeric configuration and/or substitution position in the respective glycosidic linkages) is extracted from the Escherichia coli O-antigen database and is submitted, together with the unassigned NMR data, to the CASPER program. This time saving methodology, which alleviates the need for chemical analysis, was successfully implemented in the structural elucidation of the O-antigen PS of E. coli O59. The repeating unit of the O-specific chain was determined using the O-deacylated PS and has a branched structure, namely, -> 6)[alpha-d-GalpA3Ac/4Ac-(1 -> 3)]-alpha-d-Manp-(1 -> 3)-alpha-d-Manp-(1 -> 3)-beta-d-Manp-(1 -> 3)-alpha-d-GlcpNAc-(1 ->. The identification of the O-acetylation positions was efficiently performed by comparison of the H-1,C-13 HSQC NMR spectra of the O-deacylated lipopolysaccharide and the lipid-free PS in conjunction with chemical shift predictions made by the CASPER program. The side-chain d-GalpA residue carries one equivalent of O-acetyl groups at the O-3 and O-4 positions distributed in the LPS in a 3:7 ratio, respectively. The presence of O-acetyl groups in the repeating unit of the E. coli O59 PS is consistent with the previously proposed acetyltransferase WclD in the O-antigen gene cluster.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2014. Vol. 24, nr 5, s. 450-457
Nyckelord [en]
CASPER, ECODAB, Escherichia coli, glycosyltransferases, O-antigen polysaccharide
Nationell ämneskategori
Organisk kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-104141DOI: 10.1093/glycob/cwu011ISI: 000334358000007OAI: oai:DiVA.org:su-104141DiVA, id: diva2:722570
Forskningsfinansiär
Knut och Alice Wallenbergs StiftelseVetenskapsrådet
Anmärkning

AuthorCount:4;

Tillgänglig från: 2014-06-09 Skapad: 2014-06-03 Senast uppdaterad: 2022-02-23Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(515 kB)145 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 515 kBChecksumma SHA-512
e768ba2a213c4d04cd81ab1236cf16201e0ff0f60c8177c9881534eb4a8b1e2da697b16b0c00a2b9842e6239cb69bf03c6f0128cde73735329f044e50132d257
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Person

Fontana, CarolinaLundborg, MagnusWidmalm, Göran

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Fontana, CarolinaLundborg, MagnusWidmalm, Göran
Av organisationen
Institutionen för organisk kemi
I samma tidskrift
Glycobiology
Organisk kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 145 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 176 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf