Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
phylopath: Easy phylogenetic path analysis in R
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Zoologiska institutionen.ORCID-id: 0000-0002-7366-1868
Antal upphovsmän: 12018 (Engelska)Ingår i: PeerJ, ISSN 2167-8359, E-ISSN 2167-8359, Vol. 6, artikel-id e4718Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Confirmatory path analysis allows researchers to evaluate and compare causal models using observational data. This tool has great value for comparative biologists since they are often unable to gather experimental data on macro-evolutionary hypotheses, but is cumbersome and error-prone to perform. I introduce phylopath, an R package that implements phylogenetic path analysis (PPA) as described by von Hardenberg Gonzalez-Vayer (2113). In addition to the published method, I provide support for the inclusion of binary variables. I illustrate PPA and phylopath by recreating part of a study on the relationship between brain size and vulnerability to extinction. The package aims to make the analysis straight-forward, providing convenience functions, and several plotting methods, which I hope will encourage the spread of the method.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2018. Vol. 6, artikel-id e4718
Nyckelord [en]
Phylogenetic path analysis, Evolution, Path analysis, Comparative methods, R package
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-156664DOI: 10.7717/peerj.4718ISI: 000430890200003PubMedID: 29713568OAI: oai:DiVA.org:su-156664DiVA, id: diva2:1213167
Tillgänglig från: 2018-06-04 Skapad: 2018-06-04 Senast uppdaterad: 2019-12-17Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
van der Bijl, Wouter
Av organisationen
Zoologiska institutionen
I samma tidskrift
PeerJ
Biologiska vetenskaper

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 32 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf