Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för biokemi och biofysik. Stockholms universitet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab).
Visa övriga samt affilieringar
Antal upphovsmän: 182018 (Engelska)Ingår i: Nature Communications, ISSN 2041-1723, E-ISSN 2041-1723, Vol. 9, artikel-id 2419Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Intra-tumor heterogeneity is one of the biggest challenges in cancer treatment today. Here we investigate tissue-wide gene expression heterogeneity throughout a multifocal prostate cancer using the spatial transcriptomics (ST) technology. Utilizing a novel approach for deconvolution, we analyze the transcriptomes of nearly 6750 tissue regions and extract distinct expression profiles for the different tissue components, such as stroma, normal and PIN glands, immune cells and cancer. We distinguish healthy and diseased areas and thereby provide insight into gene expression changes during the progression of prostate cancer. Compared to pathologist annotations, we delineate the extent of cancer foci more accurately, interestingly without link to histological changes. We identify gene expression gradients in stroma adjacent to tumor regions that allow for re-stratification of the tumor microenvironment. The establishment of these profiles is the first step towards an unbiased view of prostate cancer and can serve as a dictionary for future studies.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2018. Vol. 9, artikel-id 2419
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper Cancer och onkologi
Forskningsämne
biokemi med inriktning mot bioinformatik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-158253DOI: 10.1038/s41467-018-04724-5ISI: 000435650800010PubMedID: 29925878OAI: oai:DiVA.org:su-158253DiVA, id: diva2:1237604
Tillgänglig från: 2018-08-09 Skapad: 2018-08-09 Senast uppdaterad: 2020-01-24Bibliografiskt granskad
Ingår i avhandling
1.
Posten kunde inte hittas. Det kan bero på att posten inte längre är tillgänglig eller att du har råkat ange ett felaktigt id i adressfältet.

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Friedrich, StefanieSonnhammer, Erik
Av organisationen
Institutionen för biokemi och biofysikScience for Life Laboratory (SciLifeLab)
I samma tidskrift
Nature Communications
Biologiska vetenskaperCancer och onkologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 258 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf