Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Bifurcated Hydrogen Bonding and Asymmetric Fluctuations in a Carbohydrate Crystal Studied via X-ray Crystallography and Computational Analysis
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för material- och miljökemi (MMK).
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för organisk kemi.
Visa övriga samt affilieringar
2013 (Engelska)Ingår i: Journal of Physical Chemistry B, ISSN 1520-6106, E-ISSN 1520-5207, Vol. 117, nr 25, s. 7546-7553Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The structure of the O-methyl glycoside of the naturally occurring 6-O-[(R)-1-carboxyethyl]-alpha-D-galactopyranose, C10H18O8, has been determined by X-ray crystallography at 100 K, supplementing the previously determined structure obtained at 293 K (Acta Crystallogr. 1996, C52, 2285-2287). Molecular dynamics simulations of this glycoside were Performed in the crystal environment with different numbers of units cells included in the primary simulation system at both 100 and 293 K. The Calculated unit cell Parameters and the intramolecular geometries (bonds, angles, and dihedrals) agree well with experimental results. Atomic fluctuations, including B-factors and anisotropies, are in good agreement with respect to the relative values on an atom-by-atom basis. In addition, the fluctuations increase with increasing simulation system size, with the simulated values converging to values lower than those observed experimentally indicating that the simulation model is not accounting for all possible contributions to the experimentally observed B-factors, which may be related to either the simulation time scale or size. In the simulation's, the hydroxyl group of O7 is found to from bifurcated hydrogen bonds with O6 and O8 of an adjacent molecule, with the interactions dominated by the interaction HO7-O6 interaction. Quantum mechanical calculations support this observation.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
American Chemical Society (ACS), 2013. Vol. 117, nr 25, s. 7546-7553
Nationell ämneskategori
Kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-92648DOI: 10.1021/jp403719gISI: 000321236200007OAI: oai:DiVA.org:su-92648DiVA, id: diva2:641298
Forskningsfinansiär
Vetenskapsrådet
Anmärkning

AuthorCount:5;

Tillgänglig från: 2013-08-16 Skapad: 2013-08-14 Senast uppdaterad: 2017-12-06Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1234 kB)82 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1234 kBChecksumma SHA-512
6cbe3e3b47a3756f6d645d807973df3ed51ab6473401fb16e32d81432c6a22545ece3e63781fd0289f75e513dee1e5eaa6bc5b7d5178d9e939d198c130dc93cd
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Eriksson, LarsWidmalm, Göran
Av organisationen
Institutionen för material- och miljökemi (MMK)Institutionen för organisk kemi
I samma tidskrift
Journal of Physical Chemistry B
Kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 82 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 131 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf