Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Fastphylo: Fast tools for phylogenetics
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för biokemi och biofysik. Stockholms universitet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab).
Visa övriga samt affilieringar
2013 (Engelska)Ingår i: BMC Bioinformatics, ISSN 1471-2105, E-ISSN 1471-2105, Vol. 14, s. 334-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

BACKGROUND: Distance methods are ubiquitous tools in phylogenetics.Their primary purpose may be to reconstructevolutionary history, but they are also used as components in bioinformatic pipelines. However, poorcomputational efficiency has been a constraint on the applicability of distance methods on very largeproblem instances.

RESULTS: We present fastphylo, a software package containing implementations of efficient algorithms for twocommon problems in phylogenetics: estimating DNA/protein sequence distances and reconstructing aphylogeny from a distance matrix. We compare fastphylo with other neighbor joining based methodsand report the results in terms of speed and memory efficiency.

CONCLUSIONS: Fastphylo is a fast, memory efficient, and easy to use software suite. Due to its modular architecture,fastphylo is a flexible tool for many phylogenetic studies.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2013. Vol. 14, s. 334-
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi)
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-97257DOI: 10.1186/1471-2105-14-334ISI: 000329901900001PubMedID: 24255987OAI: oai:DiVA.org:su-97257DiVA, id: diva2:676302
Forskningsfinansiär
Swedish e‐Science Research CenterScience for Life Laboratory - a national resource center for high-throughput molecular bioscienceTillgänglig från: 2013-12-05 Skapad: 2013-12-05 Senast uppdaterad: 2018-01-11Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(510 kB)440 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 510 kBChecksumma SHA-512
87d2f50ab522933ee4c497b69ae208bff2cd1a5addfd72d28d9a0e2acbb308518861b8a30a51de4adbfb563761baa65e92cac7b1651ab1174bd878cdecd401b8
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Sjölund, ErikGuimera, Roman VallsArvestad, Lars
Av organisationen
Institutionen för biokemi och biofysikScience for Life Laboratory (SciLifeLab)Numerisk analys och datalogi (NADA)
I samma tidskrift
BMC Bioinformatics
Bioinformatik (beräkningsbiologi)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 440 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 321 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf