Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Temperature Dependence of Hydroxymethyl Group Rotamer Populations in Cellooligomers
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för organisk kemi.
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: Journal of Physical Chemistry B, ISSN 1520-6106, E-ISSN 1520-5207, Vol. 119, nr 30, s. 9559-9570Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Empirical force fields for computer simulations of carbohydrates are often implicitly assumed to be valid also at temperatures different from room temperature for which they were optimited: Herein, the temperature dependence of the hydroxymethyl group rotamer populations in short oligogaccharides is invegtigated using Molecular dynamics simulations and NMR spectroscopy. Two oligosaccharides, methyl beta-cellobioside and beta-cellotetraose were simulated using three different carbohydrate force fields (CHARMM C35, GLYCAM06, and GROMOS 56A(carbo)) in combination with different water models (SPC, SPC/E, and TIP3P) using replica exchange molecular dynamics simulations. For comparison, hydroxymethyl group rotamer populations were investigated for methyl beta-cellobioside and cellopentaose based- on measured NMR (3)J(H5,H6) coupling constants, in the latter case by using a chemical shift selective NMR-filter. Molecular dynamics simulations in combination with NMR spectroscopy show that the temperature dependence of the hydroxymethyl rotamer population in these short cellooligomers, in the range 263-344 K, generally becomes exaggerated in simulations when compared to experimental data, but also that it is dependent on simulation conditions, and most notably properties of the water model.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
American Chemical Society (ACS), 2015. Vol. 119, nr 30, s. 9559-9570
Nationell ämneskategori
Organisk kemi
Forskningsämne
organisk kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-120075DOI: 10.1021/acs.jpcb.5b02866ISI: 000359031400009OAI: oai:DiVA.org:su-120075DiVA, id: diva2:851824
Forskningsfinansiär
VetenskapsrådetKnut och Alice Wallenbergs StiftelseStiftelsen för strategisk forskning (SSF)Tillgänglig från: 2015-09-07 Skapad: 2015-09-01 Senast uppdaterad: 2017-12-04Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1301 kB)102 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1301 kBChecksumma SHA-512
164857464860167f73e6bd40091cf3145cf5ef8210b9c4614f1f9f8a45c9f46986b825c024141b3cfa07b866322411a89b2d3e53858a1a49fa328b12ab70f7ee
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Angles d'Ortoli, ThibaultWidmalm, Göran
Av organisationen
Institutionen för organisk kemi
I samma tidskrift
Journal of Physical Chemistry B
Organisk kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 102 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 144 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf