Syftet med den här studien var att analysera variation i bottenvegetation i tid och rum, samt precision i insamlandet av data för att ge rekommendationer för uppföljning av grunda vikar i Östersjön (habitatdirektivets naturtyp laguner 1150, med undergrupperna 1153 och 1154). I studien har variation analyserats avseende skillnader på olika geografisk skala (vik, län, havsområde) samt inventeringsår. Analysen utfördes på data som samlats in i den här miljön i lite mer än ett decennium (2001–2014), där stickprovsmetoder med visuell observation i 50×50-cm prov längs transekter eller slumpvist placerade stationer á 10 m diameter tillämpats. De responsvariabler som studerades var antal arter, antal typiska arter, täckningsgrad, två index baserade på indikatorarter, samt andelen långskottsvegetation. Variationen i de undersökta variablerna var störst inom vikar och mellan vikar, medan den var liten mellan län och havsområden. Det var även en viss variation mellan år, men den var inte samstämmig mellan vikar de olika åren. Vegetationens täckningsgrad varierade mest medan antalet arter och indexet beräknat på antalet indikatorarter varierade minst. Baserat på resultaten föreslås för samtliga havsområden att minst 100 små inventerings-rutor (0,25 m2) eller 30 större stationer (79 m2) bör inventeras per vik för att få en god precision* i medelvärdesskattning av antal arter och täckningsgraden av bottenvegetation per vik. Detta motsvarar ungefär 8 arbetstimmar med den första metoden, respektive 20 arbetstimmar med den andra metoden (fördelat på två personer). Med en lägre provtagningsinsats om 70 små inventeringsrutor (ca 6 h) eller 12 stationer (8 h) per vik nås en lägre men acceptabel precision**. Vid uppföljning av antal arter, typiska arter, täckningsgrad, indikatorartsindexen och andel långskottsvegetation på havsområdesnivå krävs att minst 16 vikar undersöks för att nå en god precision* i norra Egentliga Östersjön. För kumulativt artantal krävs att minst 8 vikar per naturtypsundergrupp provtas eftersom antalet arter och artsammansättningen skiljer mellan naturtypsundergrupperna i det här havsområdet. Då variationen mellan vikar var större i södra Egentliga Östersjön och Bottniska viken än i norra Egentliga Östersjön krävs en provtagning av 20 till 30 vikar per havsområde för att nå en god precision* i medelvärdesskattningar av de undersökta responsvariablerna i de två förstnämnda havsområdena. Med 16 vikar per havsområde når man dock en lägre, men acceptabel, precisionsnivå**. För god precision avseende mellanårsvariation föreslås en provtagning om sex år för de undersökta uppföljningsvariablerna. Resultaten som redovisas i den här studien kompletterar de undersökningar som gjorts av variation i fiskyngelförekomst i samma typ av Östersjövikar och tillsammans kan studierna utgöra en grund för att utforma uppföljningsprogram av grunda vikar i Östersjön.