Östersjön är ett ungt, artfattigt bräckt innanhav. Många växter och djur har unika anpassningar till den krävande miljön. De är därför svåra att ersätta. Genom näringsberikning blev Östersjön alltmer produktiv under 1900-talet. Fiskproduktionen ökade stadigt fram till 1980-talet, med framförallt ökade bestånd av sill, skarpsill och torsk. Därefter har många av Östersjöns fiskbestånd utarmats genom ett för högt fisketryck. Särskilt olika rovfiskarter har varit hårt utsatta. I framtiden kan lokala strömmingsbestånd vara i farozonen.
Övergödningen av Östersjön har även påverkat syreförhållandena i bottenvattnet, vilket i sin tur har missgynnat torskens reproduktion. Idag dominerar foderfisket efter sill/strömming och skarpsill och vi hämtar allt mindre av vår sjömat från Östersjön. Många förvaltningsåtgärder har satts in för att göra fisket mer hållbart. Anpassning av fisket mot målet för maximal uthållig avkastning i kombination genom redskapstekniska åtgärder som att öka maskstorlek för att spara den mindre fisken. Dessa förvaltningsåtgärder har dock inte resulterat i högre avkastning eller mer naturliga art- och storlekssammansättningar hos fiskbestånden.