Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Whole genome sequence of the deep-sea sponge Geodia barretti (Metazoa, Porifera, Demospongiae) 
Stockholms universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för biokemi och biofysik. Stockholms universitet, Science for Life Laboratory (SciLifeLab).ORCID-id: 0000-0003-3752-1806
Visa övriga samt affilieringar
Antal upphovsmän: 62023 (Engelska)Ingår i: G3: Genes, Genomes, Genetics, E-ISSN 2160-1836, Vol. 13, nr 10Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Sponges are among the earliest branching extant animals. As such, genetic data from this group are valuable for understanding the evolution of various traits and processes in other animals. However, like many marine organisms, they are notoriously difficult to sequence, and hence, genomic data are scarce. Here, we present the draft genome assembly for the North Atlantic deep-sea high microbial abundance species Geodia barretti, from a single individual collected on the West Coast of Sweden. The nuclear genome assembly has 4,535 scaffolds, an N50 of 48,447 bp and a total length of 144 Mb; the mitochondrial genome is 17,996 bp long. BUSCO completeness was 71.5%. The genome was annotated using a combination of ab initio and evidence-based methods finding 31,884 protein-coding genes. 

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2023. Vol. 13, nr 10
Nyckelord [en]
Geodia barretti, Porifera, Tetractinellida, Sweden, symbionts, metagenome-assembled genome
Nationell ämneskategori
Genetik och genomik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:su:diva-220969DOI: 10.1093/g3journal/jkad192ISI: 001058715700001PubMedID: 37619978Scopus ID: 2-s2.0-85174513308OAI: oai:DiVA.org:su-220969DiVA, id: diva2:1797358
Tillgänglig från: 2023-09-14 Skapad: 2023-09-14 Senast uppdaterad: 2025-02-07Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Proux-Wéra, EstelleSundh, John

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Proux-Wéra, EstelleSundh, John
Av organisationen
Institutionen för biokemi och biofysikScience for Life Laboratory (SciLifeLab)
I samma tidskrift
G3: Genes, Genomes, Genetics
Genetik och genomik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 61 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf